Rząd Izraela zatwierdził trzyosobową komisję do zbadania incydentu z flotyllą w Gazie. Komisja będzie monitorowana przez dwóch międzynarodowych obserwatorów, ale zdaniem Amnesty International, jej działania nie wydają się wystarczająco niezależne i przejrzyste. Komisja nie ma pełnego dostępu do kluczowych informacji i jej ustalenia nie są wiążące. Składa się z byłego sędziego Sądu Najwyższego Izraela, emerytowanego generała i specjalisty od prawa międzynarodowego. Malcolm Smart z Amnesty International krytykował brak otwartości i przejrzystości postępowania komisji oraz brak dostępu do wszelkich źródeł informacji. Komisja nie ma upoważnienia do badania legalności izraelskiej blokady Gazy, co według Smarta powinno być nadrzędnym celem. Izraela krytykują również za nieprzeprowadzenie niezależnych śledztw w sprawie domniemanych zbrodni wojennych. Amnesty International domaga się międzynarodowego śledztwa w sprawie incydentu.